Istețul Kubo, un adolescent bun la suflet, căruia îi dă voce Art Parkinson din Game of Thrones, duce o viață modestă, spunând povești oamenilor din orășelul lui de baștină de pe malul mării, printre care Hosato (voce, George Takei), Akihiro (voce, Cary-Hiroyuki Tagawa) și Kameyo (voce, Brenda Vaccaro).
Existența liniștită îi e dată peste cap în momentul când invocă fără să vrea un spirit din trecut, care năvălește din ceruri pe pământ pentru aduce la bun sfârșit o vendetta veche de când lumea.
Kubo își unește forțele cu Maimuța (voce, Charlize Theron) și cu Scarabeu (voce, Matthew McConaughey), și pornește într-o aventură extraordinară pentru a-și salva familia, dar și pentru a dezlega misterul tatălui său, mort acum, odinioară cel mai mare samurai pe care omenirea l-a cunoscut vreodată. Cu ajutorul lăutei sale magice, Kubo trebuie să se lupte cu zei și cu monștri, printre care cei mai fioroși sunt Regele Moon (voce, Ralph Fiennes), dar și diabolicele surori Gemene (voce, Rooney Mara). Va reuși el, oare, să deslușească secretul moștenirii sale, să-și reunească familia, și să-și împlinească, astfel, destinul eroic?